二十世纪三十年代，医学专家、国立上海医学院颜福庆院长等人倡议募捐筹建结核病院。浙江巨富叶澄衷之子叶子衡先生慨然捐其建造仅15年的私人叶家花园作为院址。1933年6月15日澄衷医院（澄衷疗养院）正式建立，为国立上海医学院第二实习医院，专门收治肺科病人。首任院长为颜福庆博士，副院长为钱慕韩教授。澄衷医院建院以来，医疗和教学成绩卓著，蜚声沪上。
上海市肺科医院大事记
1933年6月 澄衷医院国立上海医学院肺病疗养院创建，为上海医学院第二实习医院
1934年4月 中华慈善协会在院内增建病房，这是中国首创的为儿童设立的肺病疗养机构
1950年11月 划归上海市卫生局领导，更名为“上海市立澄衷肺结核病防治院”
1953年7月 更名为上海市立肺结核病防治院
1957年10月 更名为上海市立结核病防治院
1958年4月 更名为上海市第一结核病防治院
1959年 被中央卫生部指定为全国进修教育基地之一
1964年6月 首次在针刺麻醉下成功施行肺切除手术，成为国内最先开展针麻手术的临床研究单位
1984年11月 更名为上海市结核病防治中心（上海市结核病防治中心第一防治院）
1987年10月 上海市结核病防治中心第一防治院（上海市第一肺部肿瘤防治院）
1989年12月 更名为上海市第一肺科医院
1995年 获评国家首批“三级甲等医院”
1998年12月 更名为上海市肺科医院（上海市职业病医院）
2003年1月 成功实施亚洲首例老年人同种异体肺移植手术
2005年3月 增设第三冠名同济大学附属上海市肺科医院
2013年9月 第二冠名更名为上海市职业病防治院
2016年5月 增设第四冠名为上海市红十字肺科医院
